cole和瑞丽医生一起找到了夜室,但在夜室遭遇了刀疤男,经过一番激烈的搏斗,cole烧毁了夜室中的病毒,但同事瑞丽被刀疤男带走。烧毁夜室导致了女医生在原来的时间线被杀导致了时间线的破坏,产生了完全不同的新时间线,cole为了纠正这个错误,返回了女医生被杀的前一天,救了她,时间线因此被纠正,但又引出了一个新的东西,车臣的特洛伊行动。
Cole和Railly医生发现了「暗夜之屋」(Night Room),但是十二猴子军也发现了,双方一场激烈的争夺战。「暗夜之屋」是什么?是一个没有任何官方记录的非法实验室,里面储藏着未来有一天会毁灭世界的超级病毒。